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1997年5月16日，經浙江省人民政府證券委員會浙證委[1997]57號文件批準，由原浙江新昌制藥股份有限公司、浙江仙居藥業集團股份有限公司和浙江省醫藥有限公司合并組建成立浙江醫藥股份有限公司。
1999年8月11日，經中國證監會證監發行字[1999]99號文核準，浙江醫藥首次向社會公眾公開發行人民幣普通股5,800萬股。1999年10月21日在上海證券交易所掛牌交易，股票簡稱為“浙江醫藥”，股票代碼“600216”。
公司股票上市后，在政府各級部門的大力支持下，對企業內部資源進行了全面整合，通過股權轉讓、資產重組和對外投資清理等市場手段，有效地解決了由于跨地區聯合后，各地方政府之間存在的稅收、財政等矛盾以及企業內部一些不利于企業發展的問題，初步建立起規范的法人治理結構和現代化企業制度，公司進入新的發展軌道。
2001年，天然“天然d-α-維生素E工藝技術”項目獲2000年度國家科技進步二等獎；2001年10月，高新技術產品VH國內首家上市；2002年9月，袍江維生素廠一期項目順利投產，合成VE產品達到萬噸產能；同年，維生素Ａ、β胡蘿卜素完成試生產；公司脂溶性維生素產品日趨豐富完善。
2003年，公司管理層順利完成新老交替，為公司發展作出重大貢獻的老一代領導人金彪同志主動辭去董事長之職，李春波同志接任浙江醫藥股份有限公司董事長，在推行“三高二低一結合”的發展戰略、全面提升核心競爭力進程中，公司持續、穩定、健康發展。
2005年，公司憑借雄厚的技術積累和研發能力，成為國內首家使用發酵法生產輔酶Q10的生產企業。